Insektenfresser
Der westlich verbreitete Braunbrustigel (Erinaceus europaeus) ist flächendeckend verbreitet. Als Folge der häufigen Verkehrsopfer ist ein leichter Rückgang der Art zu verzeichnen. Der Maulwurf (Talpa europaea) ist ebenfalls weit verbreitet und besitzt sogar Vorkommen in den Sandstein-Felsengebieten.
Von den Rotzahnspitzmäusen sind Waldspitzmaus (Sorex araneus) und Zwergspitzmaus (Sorex minutus) wohl allgemein verbreitet. Die Wasserspitzmäuse sind mit beiden Arten, der Wasserspitzmaus (Neomys fodiens) und der sehr seltenen Sumpfspitzmaus (Neomys anomalus) im Gebiet vertreten. Von den Weißzahnspitzmäusen ist in den letzten Jahren regelmäßig die Gartenspitzmaus (Crocidura suaveolens) in den Siedlungen nachgewiesen wurden, in den Randlagen bei Pirna konnte auch die Feldspitzmaus (Crocidura leucodon) bestätigt werden.
Fledermäuse
Als FFH Anhang II Art genießt das Große Mausohr einen hohen europäischen Schutz
Von den 19 in Sachsen vorkommenden Fledermausarten konnten in der Sächsischen Schweiz bisher 17 Arten nachgewiesen werden. Nur noch sehr wenige Quartiere lassen sich im Elbtal von der vom Aussterben bedrohten Kleinen Hufeisennase (Rhinolopus hipposiderus) finden. Auch von den mehrfach nachgewiesenen Bartfledermäusen (Myotis mystacinus u. M. brandti) sind bisher aus dem Gebiet keine Reproduktionsnachweise bekannt.
Selten wurden Fransenfledermaus (Myotis natteri) und Bechsteinfledermaus (Myotis bechsteini) beobachtet, hingegen sind vom Großes Mausohr (Myotis myotis) mehrere Wochenstuben (bis zu 250 Tiere) und von der Wasserfledermaus (Myotis daubentoni) eine ganze Reihe von Winterquartieren bekannt.
Die Zwergfledermaus (Pipistrellus pipistrellus)ist eine der häufigsten Fledermausarten in der Sächsischen Schweiz. In neuerer Zeit wurde auch die Mückenfledermaus (Pipistrellus pygmaeus) in der Sächsischen Schweiz nachgewiesen. Nur als Durchzügler tritt im Gebiet die Rauhhautfledermaus (Pipistrellus nathusii) auf. Für den Abendsegler (Nyctalus noctula) ist die Sächsische Schweiz als Überwinterungsgebiet von Bedeutung. Hier wurde sogar der Wiederfund eines in Südschweden beringten Tieres festgestellt. Nur wenige Nachweise von Einzeltieren liegen von der Breitflügelfledermaus (Eptesicus serotinus), der Zweifarbfledermaus (Vespertilio discolor), der Mopsfledermaus (Barbastella barbastella) und dem Grauen Langohr (Plecotus austiacus) und nur ein einziger bisher von der Nordfledermaus (Eptesicus nilssoni) vor. Eine viel weitere Verbreitung besitzt, als eine noch häufigere Art, das Braune Langohr (Plecotus auritus).
